home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00578 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.3 KB  |  48 lines
  1. ********************************
  2. * CBF/NF-Y subunits signatures *
  3. ********************************
  4.  
  5. Diverse DNA binding  proteins are  known  to bind the CCAAT box, a common cis-
  6. acting element found in the promoter and enhancer regions of a large number of
  7. genes in  eukaryotes. Amongst these proteins is one known as the CCAAT-binding
  8. factor (CBF)  or  NF-Y [1].  CBF  is  a heteromeric transcription  factor that
  9. consists of two different components both needed for DNA-binding.
  10.  
  11. The HAP  protein  complex  of  yeast  binds to the upstream activation site of
  12. cytochrome C   iso-1   gene   (CYC1)  as  well  as  other  genes  involved  in
  13. mitochondrial electron  transport  and  activates  their  expression.  It also
  14. recognizes the  sequence CCAAT and is structurally and evolutionary related to
  15. CBF.
  16.  
  17. The first    subunit   of CBF, known as CBF-A or NF-YB in vertebrates, HAP3 in
  18. budding yeast and as PHP3 in fission yeast, is a protein  of 116 to 210 amino-
  19. acid residues  which  contains  a  highly conserved central domain of about 90
  20. residues. This domain seems to be involved in DNA-binding; we have developed a
  21. signature pattern from its central part.
  22.  
  23. The second  subunit  of  CBF,  known as CBF-B or NF-YA in vertebrates, HAP2 in
  24. budding yeast and PHP2 in fission yeast, is a protein of 265 to 350 amino-acid
  25. residues which  contains a highly conserved region of about 60 residues.  This
  26. region, called  the  'essential core' [2], seems to consist of two subdomains:
  27. an N-terminal  subunit-association  domain  and  a  C-terminal DNA recognition
  28. domain.  We  have developed a signature pattern from a section of the subunit-
  29. association domain.
  30.  
  31. -Consensus pattern: C-V-S-E-x-I-S-F-[LIVM]-T-[SG]-E-A-S-[DE]-[KRQ]-C
  32. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL CBF-A
  33.  subunits.
  34. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  35.  
  36. -Consensus pattern: Y-V-N-A-K-Q-Y-x-R-I-L-K-R-R-x-A-R-A-K-L-E
  37. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL CBF-B
  38.  subunits.
  39. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  40.  
  41. -Last update: June 1994 / Patterns and text revised.
  42.  
  43. [ 1] Li X.-Y., Mantovani R., Hooft van Huijsduijnen R., Andre I., Benoist C.,
  44.      Mathis D.
  45.      Nucleic Acids Res. 20:1087-1091(1992).
  46. [ 2] Olesen J.T., Fikes J.D., Guarente L.
  47.      Mol. Cell. Biol. 11:611-619(1991).
  48.